截至2017年3月31日，我校在运行的学校自主批准建立的科研机构共107个，分别如下：
| 建筑学院（3） |
| 清华大学建筑与城市研究所 |
| 清华大学无障碍发展研究院 |
| 清华大学中国新型城镇化研究院 |
| 土木工程系（2） |
| 清华大学交通研究所 |
| 清华大学3S（GIS、RS、GPS）中心 |
| 环境学院（5） |
| 清华大学环境科学与工程研究院 |
| 清华大学持久性有机污染物研究中心 |
| 清华大学战略环境评价研究中心 |
| 清华大学环境与健康传感技术研究中心 |
| 清华大学生态文明研究中心 |
| 精密仪器与机械学系（3） |
| 清华大学导航技术工程中心 |
| 清华大学质谱仪器研究中心 |
| 清华大学类脑计算研究中心 |
| 热能工程系（3） |
| 清华大学盐碱地区生态修复与固碳研究中心 |
| 清华大学燃烧能源中心 |
| 清华大学燃气轮机研究院 |
| 汽车工程系（1） |
| 清华大学汽车研究所 |
| 工业工程系（1） |
| 清华大学质量与可靠性研究院 |
| 电机工程与应用电子技术系（1） |
| 清华大学能源互联网创新研究院 |
| 计算机科学与技术系（3） |
| 清华大学密码理论与技术研究中心 |
| 清华大学大规模在线教育研究中心 |
| 清华大学高性能计算研究中心 |
| 自动化系（1） |
| 清华大学复杂工业过程控制与优化研究中心 |
| 航天航空学院（3） |
| 清华大学微纳米力学与多学科交叉创新研究中心 |
| 清华大学载人航天研究中心 |
| 清华大学航空发动机研究院 |
| 工程物理系（3） |
| 清华大学公共安全研究院 |
| 清华大学高能物理研究中心 |
| 清华大学先进辐射源及应用实验室 |
| 化学工程系（2） |
| 清华大学化工科学与技术研究院 |
| 清华大学循环经济研究院 |
| 材料学院（1） |
| 清华大学材料科学与工程研究院 |
| 物理系（2） |
| 清华大学天体物理中心 |
| 清华大学量子科学与技术研究中心 |
| 生命科学学院（3） |
| 清华大学结构生物学中心 |
| 清华大学干细胞与再生医学研究所 |
| 清华大学合成与系统生物学研究中心 |
| 地球系统科学研究中心（1） |
| 清华大学全球变化研究院 |
| 交叉信息研究院（2） |
| 清华大学理论计算机科学研究中心 |
| 清华大学量子信息中心 |
| 高等研究院（1） |
| 清华大学两岸发展研究院 |
| 经济管理学院（6） |
| 清华大学中国经济研究中心 |
| 清华大学中国与世界经济研究中心 |
| 清华大学中国财政税收研究所 |
| 清华大学中国企业成长与经济安全研究中心 |
| 清华大学产业创新与金融研究院 |
| 清华大学二十国集团创业研究中心 |
| 公共管理学院（11） |
| 21世纪发展研究院 |
| 清华大学台湾研究院 |
| 清华大学中国科技政策研究中心 |
| 清华大学中国发展规划研究中心 |
| 清华大学产业发展与环境治理研究中心 |
| 清华大学中国工程科技发展战略研究院 |
| 清华大学国情研究院 |
| 清华大学公益慈善研究院 |
| 清华大学政府和社会资本合作研究中心 |
| 清华大学中国社会风险评估研究中心 |
| 清华大学互联网治理研究中心 |
| 五道口金融学院（1） |
| 清华大学国家金融研究院 |
| 法学院（3） |
| 清华大学环境资源与能源法研究中心 |
| 清华大学商法研究中心 |
| 清华大学国家治理研究院 |
| 新闻与传播学院（4） |
| 清华大学国际传播研究中心 |
| 清华大学伊斯雷尔·爱泼斯坦研究中心 |
| 清华大学国家形象传播研究中心 |
| 清华大学文化创意发展研究院 |
| 人文学院（4） |
| 清华大学道德与宗教研究院 |
| 清华大学人文与社会科学高等研究所 |
| 清华大学马克思恩格斯文献研究中心 |
| 清华大学世界文学与文化研究院 |
| 社会科学学院（11） |
| 清华大学国际关系研究院 |
| 清华大学科学技术与社会研究中心 |
| 清华大学城镇化与城乡统筹研究中心 |
| 中国科协-清华大学科技传播与普及研究中心 |
| 清华大学华商研究中心 |
| 清华大学-中科院学部科学与社会协同发展研究中心 |
| 清华大学社会网络研究中心 |
| 清华大学《资本论》与当代问题研究中心 |
| 清华大学创新发展研究院 |
| 清华大学全球共同发展研究院 |
| 清华大学一带一路战略研究院 |
| 体育部（1） |
| 清华大学体育与健康科学研究中心 |
| 图书馆（1） |
| 清华大学科学技术史暨古文献研究所 |
| 网络研究院（1） |
| 清华大学网络空间战略研究院 |
| 美术学院（4） |
| 清华大学吴冠中艺术研究中心 |
| 清华大学张仃艺术研究中心 |
| 清华大学艺术与科学研究中心 |
| 清华大学中国古文字艺术研究中心 |
| 土木水利学院（3） |
| 清华大学跨境河流水与生态安全研究中心 |
| 清华大学恒隆房地产研究中心 |
| 清华大学未来城镇与基础设施研究院 |
| 核能与新能源技术研究院（3） |
| 清华大学能源环境经济研究所 |
| 中美生物燃料联合研究中心 |
| 清华大学中国碳市场研究中心 |
| 微电子学研究所（1） |
| 清华大学移动计算研究中心 |
| 教育研究院（1） |
| 清华大学工程教育研究中心 |
| 深圳研究生院（2） |
| 清华大学海洋技术研究中心 |
| 清华大学港澳研究中心 |
| 技术转移研究院（2） |
| 清华－青岛数据科学研究院 |
| 清华大学全球产业4.5研究院 |
| 医学院（4） |
| 清华大学艾滋病综合研究中心 |
| 清华大学临床神经科学研究院 |
| 清华大学免疫学研究所 |
| 清华大学精准医学研究院 |
| 药学院（1） |
| 清华大学干细胞与再生医学研究所 |
| 信息技术研究院（1） |
| 清华大学网络行为研究所 |
| 其他（2） |
| 清华大学中国车用能源研究中心 |
| 清华大学低碳经济研究院 |