截至2017年3月31日，我校正在运行的学校以协议形式与校外独立法人单位联合建立的科研机构共102个，其中：
| 建筑学院（3） |
| 清华大学恒大研究院 |
| 清华大学（建筑学院）－旭辉控股（集团）股份有限公司可持续住区联合研究中心 |
| 清华大学（建筑学院）－太古地产有限公司建筑节能与可持续发展联合研究中心 |
| 土木工程系（1） |
| 清华－金门建筑安全研究中心 |
| 水利水电工程系（2） |
| 清华大学(水利系)－北京华石纳固科技有限公司堆石混凝土技术联合研究中心 |
| 清华大学－致生联发信息技术股份有限公司物联网遥感大数据联合研究中心 |
| 环境学院（6） |
| 清华大学－丰田研究中心 |
| 清华大学（环境学院）－北京碧水源科技股份有限公司环境膜技术联合研发中心 |
| 清华大学－北控水务集团环境产业联合研究院 |
| 清华大学（环境学院）－软通动力信息技术（集团）有限公司智慧环境管理创新联合研究中心 |
| 清华大学（环境学院）－西安华诺环保股份有限公司油气田废水及油泥污染控制与资源化联合研究中心 |
| 清华大学－江苏盐城环保科技城烟气污染减排技术联合研究中心 |
| 机械工程系（3） |
| 清华大学（机械系）－中冶赛迪工程技术股份有限公司冶金装备技术联合研究所 |
| 清华大学－成都飞机工业（集团）有限责任公司航空先进制造装备及自动化联合研究中心 |
| 清华大学（机械系）－广东金明精机股份有限公司智能康复机器人联合研究中心 |
| 精密仪器系（1） |
| 清华大学（精仪系）－常熟市天银机电股份有限公司尖端智能装备联合研究中心 |
| 热能工程系（2） |
| 清华－BP清洁能源研究与教育中心 |
| 清华大学－三菱重工业联合研究开发中心 |
| 汽车工程系（4） |
| 清华大学（汽车系）－陕西汉德车桥有限公司车桥技术联合研究中心 |
| 清华大学（汽车系）－戴姆勒大中华区投资有限公司可持续交通联合研究中心 |
| 清华大学（汽车系）－日产智能出行联合研究中心 |
| 清华大学（汽车系）－汉腾汽车有限公司新能源汽车动力总成技术联合研究中心 |
| 信息学院（1） |
| 清华大学－天津七一二通信广播股份有限公司先进通信系统联合研究中心 |
| 电机工程与应用电子技术系（1） |
| 清华大学（电机系）－中国电力国际有限公司多能互补综合能量管理联合研究中心 |
| 电子工程系（5） |
| 清华－日立环境和谐信息技术联合实验室 |
| 清华大学（电子系）－安徽科大讯飞信息科技股份有限公司语音技术联合实验室 |
| 清华大学（电子系）－是德科技(中国)有限公司信息与通信测量联合研究中心 |
| 清华大学－罗姆联合研究中心 |
| 清华－南通卫星互联网协同通信技术联合研究中心 |
| 计算机科学与技术系（3） |
| 清华大学天工智能计算研究院 |
| 清华大学－腾讯科技（深圳）有限公司互联网创新技术联合实验室 |
| 清华大学－同方股份有限公司计算机系统结构联合研究中心 |
| 自动化系（2） |
| 清华大学－联合技术公司建筑节能、安全、控制联合研究中心 |
| 清华大学（自动化系）－云南云投股权投资基金管理有限公司互联网服务集成技术联合研究中心 |
| 航天航空学院（7） |
| SMC－清华大学气动技术中心 |
| 清华－IHI研究中心 |
| 清华－大金研究中心 |
| 清华大学－中国航天科工飞航技术研究院飞航技术联合研究中心 |
| 清华大学（航院）—中国空间技术研究院总体部智能空间系统联合研究中心 |
| 清华大学－北京品驰医疗设备有限公司神经调控技术联合研究院 |
| 清华大学（航院）－北京市星光凯明动感仿真模拟器中心飞行模拟器联合研究中心 |
| 工程物理系（4） |
| 清华大学（工物系）－北京永新医疗设备有限公司核医学影像联合研究中心 |
| 清华大学－北京辰安科技股份有限公司公共安全应急技术联合研究院 |
| 清华大学安全检测技术研究院 |
| 清华大学—中国核燃料有限公司核燃料循环与材料技术联合研究院 |
| 化学工程系（1） |
| 清华大学（化工系）－安徽省安庆市曙光化工股份有限公司氰衍生物联合研究中心 |
| 材料学院（2） |
| 清华大学（材料学院）－中广核工程有限公司核材料及安全服役联合实验室 |
| 清华大学－远建工住轻质新材料联合研究院 |
| 物理系（3） |
| 清华－富士康纳米科技研究中心 |
| 清华大学－国家天文台天体物理联合研究中心 |
| 清华大学－晋中龙跃投资咨询服务有限公司拓扑量子信息技术联合研究中心 |
| 生命科学学院（1） |
| 清华大学（生命学院）－江苏隆力奇生物科技股份有限公司生物科技联合研究所 |
| 交叉信息研究院（2） |
| 清华大学－九州量子量子网络联合实验室 |
| 清华大学－蚂蚁金服数字金融科技联合实验室 |
| 经济管理学院（3） |
| 清华大学绿色经济与可持续发展研究中心 |
| 清华大学体育产业发展研究中心 |
| 清华大学互联网产业研究院 |
| 公共管理学院（1） |
| 清华大学中国农村研究院 |
| 五道口金融学院（1） |
| 清华大学－中誉控股有限公司联合研究院 |
| 社会科学学院（2） |
| 清华大学民生经济研究院 |
| 清华大学老龄社会研究中心 |
| 网络空间研究院（1） |
| 清华大学－中国电信下一代互联网技术与应用联合实验室 |
| 美术学院（1） |
| 清华大学终身学习实验室 |
| 核能与新能源技术研究院（3） |
| 国家核电技术研发中心 |
| 清华大学（核研院）－北京华力兴科技发展有限责任公司核检测联合研究中心 |
| 清华大学（核研院）－中广核研究院有限公司先进核燃料联合研究中心 |
| 微电子学研究所（2） |
| 清华大学－三星电子半导体技术联合研究中心 |
| 清华大学（微电子所）－同方国芯电子股份有限公司动态可重构可编程逻辑器件联合研究中心 |
| 教育研究院（1） |
| 清华大学亚洲研究中心 |
| 医学院（3） |
| 清华大学（医学院）－拜耳创新药物联合研究中心 |
| 清华－IDG麦戈文脑科学联合研究院 |
| 清华－莱士血液制品高科技创新联合研究中心 |
| 药学院（1） |
| 清华大学－北京紫光制药有限公司药物新靶点联合研究中心 |
| 软件学院（1） |
| 清华大学（软件学院）－北京水木学成教育科技有限公司现代服务工程标准体系联合研究中心 |
| 信息技术研究院（11） |
| 清华大学（信研院）－北京全路通信信号研究设计院有限公司轨道交通自动化联合研究所 |
| 清华大学（信研院）－广州市怡文环境科技股份有限公司环境监测技术联合研究所 |
| 清华大学（信研院）－四川长虹电器股份有限公司先进视听技术联合实验室 |
| 清华大学－唐山轨道客车有限责任公司绿色智能人文一体化交通联合研究中心 |
| 清华大学－河北心神信息技术有限公司信息化系统工程联合研究中心 |
| 清华大学（信研院）－赛特斯信息科技股份有限公司柔性网络联合研究中心 |
| 清华大学（信研院）－北京倍肯恒业科技发展有限公司智慧健康大数据联合研究中心 |
| 清华大学（信研院）－北京得意音通技术有限责任公司声纹处理联合实验室 |
| 清华大学（信研院）－金电联行（北京）信息技术有限公司金融大数据联合研究中心 |
| 清华大学（信研院）－同方工业有限公司智能维护保障技术联合研究所 |
| 清华大学（信研院）－ 山东新北洋信息技术股份有限公司感知与加速计算技术联合研究中心 |
| 其他（4） |
| 清华大学－泰豪装备联合研究院 |
| 清华大学凯风发展研究院 |
| 清华大学国家战略研究院 |
| 清华－力拓资源能源与可持续发展联合研究中心 |
| 电子工程系（1） |
| 清华大学—成均馆大学智慧城市信息通信技术联合研究中心 |
| 计算机科学与技术系（1） |
| 清华大学－悉尼科技大学量子计算与人工智能联合研究中心 |
| 化学工程系（1） |
| 清华大学中国－巴西气候变化与能源技术创新研究中心 |
| 交叉信息研究院（2） |
| 清华－密西根量子信息联合中心 |
| 清华－奥胡斯交互计算理论中心 |
| 美术学院（1） |
| 清华大学益童全球创新中心 |
| 人文学院（1） |
| 清华大学－阿姆斯特丹大学逻辑学联合研究中心 |
| 技术转移研究院（1） |
| 清华大学中以交叉创新中心 |
| 医学院（1） |
| 清华大学－哥伦比亚大学高等基因组技术联合研究中心 |